PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0000107
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Project Name
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Gallus gallus BN/SsNHsdMCW
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Other Names
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Legacy ER Project ID
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10086
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Legacy GOLD ID
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Gc00599, Gi0010086
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NCBI BioProject Name | Gallus gallus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI BioProject Accession
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PRJNA13342 |
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NCBI Locus Tag
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NCBI BioSample Accession
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SAMN02981218 |
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PI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Added By |
Nikos Kyrpides
on 2007-11-27 |
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Last Modified By |
Supratim Mukherjee
on 2017-03-29 |
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Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Sequencing Center
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Washington University in St. Louis
(USA)
Wellcome Trust Sanger Institute (United Kingdom) |
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Collaborating Institute
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The Roslin Institute
(United Kingdom)
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Funding Agency
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NIH
(USA)
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Project Description
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Gallus gallus 12X 454 assembly
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Is JGI Project |
No
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
JGI Data Utilization Status
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JGI Award DOI
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Genome Publications
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Nature
Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution.
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Other Publications
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Ignored Publications
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Unassigned Publications
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Journal of molecular biology
212(4):599-634
Sequence and gene organization of the chicken mitochondrial genome. A novel gene order in higher vertebrates.
Nature 466(7306):612-6 Convergent evolution of chicken Z and human X chromosomes by expansion and gene acquisition. Show more publications...
Heredity
110(3):277-82
Chicken domestication: an updated perspective based on mitochondrial genomes.
Nature genetics 49(3):387-394 Avian W and mammalian Y chromosomes convergently retained dosage-sensitive regulators. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 91(12):5368-71 A conserved heptamer motif for ribosomal RNA transcription termination in animal mitochondria. Nucleic acids research 25(5):955-64 tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence. |
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SRA Experiment |
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PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Study |
Gallus gallus BN/SsNHsdMCW |
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Organism |
Gallus gallus BN/SsNHsdMCW |
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Analysis Projects |
Gallus gallus BN/SsNHsdMCW |
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Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
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Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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SEQUENCING INFORMATION | |
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Sequencing Status
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Complete |
Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 2: High-Quality Draft |
Finishing Goal
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Level 6: Finished |
Contamination Screening Input
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|
DNA Amplification Method
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|
Single Cell Lysis Protocol
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|
Single Cell Lysis Approach
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|
Sequencing Comments
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|
DNA Amplification Kit
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|
Sequencing Technology
(MIGS-29)
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Sanger |
Library Method
(MIGS-28)
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|
Library Layout
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|
Library Screening Method
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|
Number Of Reads
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|
Read Size
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|
Vector
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|
GC Percent |
|
Chromosome Count |
40
|
Plasmid Count |
0
|
ORGANISM NAME | |
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GOLD Organism ID |
Go0000107 |
Organism Name |
Gallus gallus BN/SsNHsdMCW
|
Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
|
Organism Domain |
EUKARYAL
|
Phylogeny |
CHORDATA
|
Genus |
Gallus
|
Genus Synonyms |
|
Species |
Gallus gallus
|
Subspecies |
|
Species Synonyms |
|
Strain |
BN/SsNHsdMCW
|
Strain Synonyms |
|
Serovar/Cultivar |
|
Culture Collection ID |
|
Type Strain |
Unknown
|
Exemplar DOI |
|
Exemplar Name |
|
Taxon DOI |
|
Biosafety Level |
|
Organism Comments |
|
Cultured |
Yes
|
Culture Type |
Isolate
|
Organism Type |
Natural
|
Uncultured Type |
|
Commercial Strain |
|
Commercial Strain Comments |
|
ORGANISM TAXONOMY
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|
NCBI Taxonomy ID |
9031 |
NCBI Superkingdom |
Eukaryota
|
NCBI Kingdom |
Metazoa
|
NCBI Phylum |
Chordata
|
NCBI Class |
Aves
|
NCBI Order |
Galliformes
|
NCBI Family |
Phasianidae
|
NCBI Genus |
Gallus
|
NCBI Species |
Gallus gallus
|
ISOLATION CLASSIFICATION | |
Ecosystem |
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Ecosystem Category |
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Ecosystem Type |
|
Ecosystem Subtype |
|
Specific Ecosystem |
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ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
Strain Info ID |
|
Genbank 16S ID |
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GENERAL PROPERTIES | |
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Oxygen Requirement |
|
Cell Shape |
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Motility |
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Sporulation |
|
Temperature Range |
Mesophile
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Salinity |
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pH |
|
Cell Diameter |
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Cell Length |
|
Color |
|
Gram Staining |
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Biotic Relationships |
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Symbiotic Physical Interaction |
|
Symbiotic Relationship |
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Symbiont Name |
|
Symbiont Taxon ID |
|
Cell Arrangements |
|
Diseases |
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Known Habitats |
|
Metabolisms |
|
Phenotypes |
|
Energy Sources |
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