Studies
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53,970 |
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Biosamples
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170,233 |
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Sequencing Projects
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480,729 |
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Analysis Projects
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360,451 |
| Organisms | 467,880 |
| PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0000107
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Project Name
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Gallus gallus BN/SsNHsdMCW
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Other Names
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Legacy ER Project ID
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10086
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Legacy GOLD ID
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Gc00599, Gi0010086
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| NCBI BioProject Name | Gallus gallus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NCBI BioProject Accession
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PRJNA13342 |
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NCBI Locus Tag
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NCBI BioSample Accession
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SAMN02981218 |
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| PI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Added By |
Nikos Kyrpides
on 2007-11-27 |
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| Last Modified By |
Supratim Mukherjee
on 2017-03-29 |
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| Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Sequencing Center
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Washington University in St. Louis
(USA)
Wellcome Trust Sanger Institute (United Kingdom) |
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Collaborating Institute
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The Roslin Institute
(United Kingdom)
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Funding Agency
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NIH
(USA)
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Project Description
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Gallus gallus 12X 454 assembly
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| Is JGI Project |
No
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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| EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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JGI Data Utilization Status
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JGI Award DOI
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Genome Publications
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Nature
Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution.
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Other Publications
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Ignored Publications
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Unassigned Publications
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Journal of molecular biology
212(4):599-634
Sequence and gene organization of the chicken mitochondrial genome. A novel gene order in higher vertebrates.
Nature 466(7306):612-6 Convergent evolution of chicken Z and human X chromosomes by expansion and gene acquisition. Show more publications...
Heredity
110(3):277-82
Chicken domestication: an updated perspective based on mitochondrial genomes.
Nature genetics 49(3):387-394 Avian W and mammalian Y chromosomes convergently retained dosage-sensitive regulators. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 91(12):5368-71 A conserved heptamer motif for ribosomal RNA transcription termination in animal mitochondria. Nucleic acids research 25(5):955-64 tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence. |
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| SRA Experiment |
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| PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Study |
Gallus gallus BN/SsNHsdMCW |
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| Organism |
Gallus gallus BN/SsNHsdMCW |
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| Analysis Projects |
Gallus gallus BN/SsNHsdMCW |
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| Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
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| Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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| SEQUENCING INFORMATION | |
|---|---|
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Sequencing Status
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Complete |
| Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 2: High-Quality Draft |
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Finishing Goal
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Level 6: Finished |
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Contamination Screening Input
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DNA Amplification Method
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Single Cell Lysis Protocol
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Single Cell Lysis Approach
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|
Sequencing Comments
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DNA Amplification Kit
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Sequencing Technology
(MIGS-29)
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Sanger |
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Library Method
(MIGS-28)
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|
Library Layout
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Library Screening Method
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|
Number Of Reads
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Read Size
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Vector
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| GC Percent |
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| Chromosome Count |
40
|
| Plasmid Count |
0
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| ORGANISM NAME | |
|---|---|
| GOLD Organism ID |
Go0000107 |
| Organism Name |
Gallus gallus BN/SsNHsdMCW
|
| Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
|
| Organism Domain |
EUKARYAL
|
| Phylogeny |
CHORDATA
|
| Genus |
Gallus
|
| Genus Synonyms |
|
| Species |
Gallus gallus
|
| Subspecies |
|
| Species Synonyms |
|
| Strain |
BN/SsNHsdMCW
|
| Strain Synonyms |
|
| Serovar/Cultivar |
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| Culture Collection ID |
|
| Type Strain |
Unknown
|
| Exemplar DOI |
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| Exemplar Name |
|
| Taxon DOI |
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| Biosafety Level |
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| Organism Comments |
|
| Cultured |
Yes
|
| Culture Type |
Isolate
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| Organism Type |
Natural
|
| Uncultured Type |
|
| Commercial Strain |
|
| Commercial Strain Comments |
|
|
ORGANISM TAXONOMY
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| NCBI Taxonomy ID |
9031 |
| NCBI Superkingdom |
Eukaryota
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| NCBI Kingdom |
Metazoa
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| NCBI Phylum |
Chordata
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| NCBI Class |
Aves
|
| NCBI Order |
Galliformes
|
| NCBI Family |
Phasianidae
|
| NCBI Genus |
Gallus
|
| NCBI Species |
Gallus gallus
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| ISOLATION CLASSIFICATION | |
| Ecosystem |
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| Ecosystem Category |
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| Ecosystem Type |
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| Ecosystem Subtype |
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| Specific Ecosystem |
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| ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
| Strain Info ID |
|
| Genbank 16S ID |
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| GENERAL PROPERTIES | |
|---|---|
| Oxygen Requirement |
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| Cell Shape |
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| Motility |
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| Sporulation |
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| Temperature Range |
Mesophile
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| Salinity |
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| pH |
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| Cell Diameter |
|
| Cell Length |
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| Color |
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| Gram Staining |
|
| Biotic Relationships |
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| Symbiotic Physical Interaction |
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| Symbiotic Relationship |
|
| Symbiont Name |
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| Symbiont Taxon ID |
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| Cell Arrangements |
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| Diseases |
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| Known Habitats |
|
| Metabolisms |
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| Phenotypes |
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| Energy Sources |
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