PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0657884
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Project Name
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Psychrobacter arcticus 273-4
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Other Names
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Legacy GOLD ID
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NCBI BioProject Name | Psychrobacter growth screen and comparative genomics | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI BioProject Accession
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PRJEB40380 |
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NCBI Locus Tag
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JMV65
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NCBI BioSample Accession
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SAMEA7339713 |
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Source Sample ID
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PI | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Added By | JGI automated process on 2022-06-29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified By | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Sequencing Center
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Max Planck Institute for Developmental Biology
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Collaborating Institute
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Funding Agency
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Project Description
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Psychrobacter arcticus 273-4 genome sequencing
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Is JGI Project |
No
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
JGI Data Utilization Status
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JGI Award DOI
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Genome Publications
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Other Publications
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Ignored Publications
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Unassigned Publications
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SRA Experiment |
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PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Study |
Psychrophilic species of the genus Psychrobacter are likely descendants of pathobionts |
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Organism |
Psychrobacter arcticus 273-4 |
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Analysis Projects |
Psychrobacter arcticus 273-4 |
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Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
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Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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SEQUENCING INFORMATION | |
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Sequencing Status
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Complete |
Sequencing Quality (MIGS-31) |
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Finishing Goal
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Contamination Screening Input
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DNA Amplification Method
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Single Cell Lysis Protocol
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Single Cell Lysis Approach
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|
Sequencing Comments
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|
DNA Amplification Kit
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Sequencing Technology
(MIGS-29)
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Library Method
(MIGS-28)
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Library Layout
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Library Screening Method
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Number Of Reads
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Read Size
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Vector
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GC Percent |
|
Chromosome Count |
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Plasmid Count |
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ORGANISM NAME | |
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GOLD Organism ID |
Go0000467 |
Organism Name |
Psychrobacter arcticus 273-4
|
Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
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Organism Domain |
BACTERIAL
|
Phylogeny |
PROTEOBACTERIA-GAMMA
|
Genus |
Psychrobacter
|
Genus Synonyms |
|
Species |
Psychrobacter arcticus
|
Subspecies |
|
Species Synonyms |
|
Strain |
273-4
|
Strain Synonyms |
|
Serovar/Cultivar |
|
Culture Collection ID |
DSM 17307
|
Type Strain |
Yes
|
Exemplar DOI |
10.1601/ex.10107
|
Exemplar Name |
Psychrobacter arcticus
|
Taxon DOI |
10.1601/tx.10107
|
Biosafety Level |
|
Organism Comments |
|
Cultured |
Yes
|
Culture Type |
Isolate
|
Organism Type |
Natural
|
Uncultured Type |
|
Commercial Strain |
|
Commercial Strain Comments |
|
ORGANISM TAXONOMY
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|
NCBI Taxonomy ID |
259536 |
NCBI Superkingdom |
Bacteria
|
NCBI Kingdom |
|
NCBI Phylum |
Proteobacteria
|
NCBI Class |
Gammaproteobacteria
|
NCBI Order |
Moraxellales
|
NCBI Family |
Moraxellaceae
|
NCBI Genus |
Psychrobacter
|
NCBI Species |
Psychrobacter arcticus
|
ISOLATION CLASSIFICATION | |
Ecosystem |
Environmental
|
Ecosystem Category |
Terrestrial
|
Ecosystem Type |
Soil
|
Ecosystem Subtype |
Unclassified
|
Specific Ecosystem |
Permafrost
|
ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
Strain Info ID |
690310 |
Genbank 16S ID |
AY444822 |
GENERAL PROPERTIES | |
---|---|
Oxygen Requirement |
Aerobe
|
Cell Shape |
Rod-shaped
|
Motility |
Nonmotile
|
Sporulation |
|
Temperature Range |
Psychrophile
|
Salinity |
|
pH |
|
Cell Diameter |
|
Cell Length |
|
Color |
|
Gram Staining |
Gram-
|
Biotic Relationships | Free living |
Symbiotic Physical Interaction |
|
Symbiotic Relationship |
|
Symbiont Name |
|
Symbiont Taxon ID |
|
Cell Arrangements |
Pairs |
Diseases |
None |
Known Habitats |
Soil Fish Fresh water |
Metabolisms |
|
Phenotypes |
Radiation resistant |
Energy Sources |
Heterotroph |
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