PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0144130
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Project Name
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Aspergillus oryzae RIB40
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Other Names
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Legacy GOLD ID
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NCBI BioProject Name | Aspergillus oryzae RIB40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI BioProject Accession
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PRJNA277168 |
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NCBI Locus Tag
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VG12
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NCBI BioSample Accession
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SAMN03379015 |
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Source Sample ID
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PI | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Added By | JGI automated process on 2016-05-18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified By | Supratim Mukherjee on 2017-03-29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Agricultural |
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Sequencing Center
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National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, AIST
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Collaborating Institute
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Funding Agency
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Project Description
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Hybrid de novo genome assembly using MiSeq and SOLiD short read data
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Is JGI Project |
No
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
JGI Data Utilization Status
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JGI Award DOI
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Genome Publications
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Other Publications
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Ignored Publications
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Unassigned Publications
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SRA Experiment |
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PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Study |
Streptomyces avermitilis MA-4680 Genome |
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Organism |
Aspergillus oryzae RIB40 |
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Analysis Projects |
Aspergillus oryzae RIB40 |
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Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
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Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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SEQUENCING INFORMATION | |
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Sequencing Status
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Complete |
Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 2: High-Quality Draft |
Finishing Goal
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Contamination Screening Input
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DNA Amplification Method
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Single Cell Lysis Protocol
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Single Cell Lysis Approach
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Sequencing Comments
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DNA Amplification Kit
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Sequencing Technology
(MIGS-29)
![]() |
SOLiD Illumina MiSeq |
Library Method
(MIGS-28)
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Library Layout
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Library Screening Method
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Number Of Reads
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Read Size
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Vector
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GC Percent |
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Chromosome Count |
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Plasmid Count |
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ORGANISM NAME | |
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GOLD Organism ID |
Go0038491 |
Organism Name |
Aspergillus oryzae RIB40
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Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
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Organism Domain |
EUKARYAL
|
Phylogeny |
FUNGI-ASCOMYCOTA
|
Genus |
Aspergillus
|
Genus Synonyms |
|
Species |
Aspergillus oryzae
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Subspecies |
|
Species Synonyms |
|
Strain |
RIB40
|
Strain Synonyms |
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Serovar/Cultivar |
|
Culture Collection ID |
|
Type Strain |
Unknown
|
Exemplar DOI |
|
Exemplar Name |
|
Taxon DOI |
|
Biosafety Level |
1
|
Organism Comments |
|
Cultured |
Yes
|
Culture Type |
Isolate
|
Organism Type |
Natural
|
Uncultured Type |
|
Commercial Strain |
|
Commercial Strain Comments |
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ORGANISM TAXONOMY
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|
NCBI Taxonomy ID |
510516 |
NCBI Superkingdom |
Eukaryota
|
NCBI Kingdom |
Fungi
|
NCBI Phylum |
Ascomycota
|
NCBI Class |
Eurotiomycetes
|
NCBI Order |
Eurotiales
|
NCBI Family |
Aspergillaceae
|
NCBI Genus |
Aspergillus
|
NCBI Species |
Aspergillus oryzae
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ISOLATION CLASSIFICATION | |
Ecosystem |
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Ecosystem Category |
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Ecosystem Type |
|
Ecosystem Subtype |
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Specific Ecosystem |
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ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
Strain Info ID |
491981 |
Genbank 16S ID |
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GENERAL PROPERTIES | |
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Oxygen Requirement |
|
Cell Shape |
Filament-shaped
|
Motility |
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Sporulation |
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Temperature Range |
Mesophile
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Salinity |
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pH |
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Cell Diameter |
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Cell Length |
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Color |
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Gram Staining |
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Biotic Relationships |
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Symbiotic Physical Interaction |
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Symbiotic Relationship |
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Symbiont Name |
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Symbiont Taxon ID |
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Cell Arrangements |
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Diseases |
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Known Habitats |
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Metabolisms |
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Phenotypes |
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Energy Sources |
|
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