Studies
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47,492 |
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Biosamples
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121,672 |
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Sequencing Projects
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389,213 |
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Analysis Projects
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310,420 |
| Organisms | 403,423 |
| PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0136753
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Project Name
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Kitasatospora sp. OK780
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Other Names
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Legacy GOLD ID
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| NCBI BioProject Name | Kitasatospora sp. OK780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NCBI BioProject ID
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331844 |
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NCBI BioProject Accession
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PRJNA331844 |
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NCBI Locus Tag
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BDB15
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NCBI BioSample Accession
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SAMN05444677 |
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| PI | Dale Pelletier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Added By |
JGI automated process
on 2016-03-25 |
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| Last Modified By |
JGI automated process
on 2020-08-29 |
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| Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Sequencing Center
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DOE Joint Genome Institute (JGI)
(USA)
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Collaborating Institute
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Funding Agency
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U.S. Department of Energy (DOE)
(USA)
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Project Description
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Genome sequencing to define the functional diversity of the Populus root microbiome
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| Is JGI Project |
Yes
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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| EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| JGI Portal Download | Raw Sequence Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Project Information
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Database
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Genome Publications
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Other Publications
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| SRA Experiment |
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| PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Study |
Populus root and rhizosphere microbial communities from Tennessee, USA |
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| Organism |
Kitasatospora sp. OK780 |
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| Analysis Projects |
Kitasatospora sp. OK780 |
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| Number of Analysis Projects (AP) |
1
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| Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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| SEQUENCING INFORMATION | |
|---|---|
|
Sequencing Status
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Complete |
| Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
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Finishing Goal
|
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
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Contamination Screening Input
|
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|
DNA Amplification Method
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|
Sequencing Comments
|
|
|
DNA Amplification Kit
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Sequencing Technology
(MIGS-29)
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PacBio RS Illumina HiSeq 2500-1TB PacBio RS II |
|
Library Method
(MIGS-28)
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Illumina Regular Fragment, 300bp, Plates
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|
Library Layout
|
|
|
Library Screening Method
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|
Number Of Reads
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|
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Read Size
|
|
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Vector
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| GC Percent |
70
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| Chromosome Count |
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| Plasmid Count |
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| ORGANISM NAME | |
|---|---|
| GOLD Organism ID |
Go0126211 |
| Organism Name |
Kitasatospora sp. OK780
|
| Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
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| Organism Domain |
BACTERIAL
|
| Phylogeny |
ACTINOBACTERIA
|
| Genus |
Kitasatospora
|
| Genus Synonyms |
|
| Species |
Kitasatospora sp. OK780
|
| Subspecies |
|
| Species Synonyms |
|
| Strain |
OK780
|
| Strain Synonyms |
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| Serovar/Cultivar |
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| Culture Collection ID |
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| Type Strain |
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| Exemplar DOI |
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| Exemplar Name |
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| Taxon DOI |
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| Biosafety Level |
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| Organism Comments |
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| Cultured |
Yes
|
| Culture Type |
Isolate
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| Organism Type |
Natural
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| Uncultured Type |
|
| Commercial Strain |
|
| Commercial Strain Comments |
|
|
ORGANISM TAXONOMY
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| NCBI Taxonomy ID |
1882771 |
| NCBI Superkingdom |
Bacteria
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| NCBI Kingdom |
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| NCBI Phylum |
Actinobacteria
|
| NCBI Class |
Actinobacteria
|
| NCBI Order |
Streptomycetales
|
| NCBI Family |
Streptomycetaceae
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| NCBI Genus |
Kitasatospora
|
| NCBI Species |
Kitasatospora sp. OK780
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| ISOLATION CLASSIFICATION | |
| Ecosystem |
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| Ecosystem Category |
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| Ecosystem Type |
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| Ecosystem Subtype |
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| Specific Ecosystem |
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| ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
| Strain Info ID |
|
| Genbank 16S ID |
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| GENERAL PROPERTIES | |
|---|---|
| Oxygen Requirement |
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| Cell Shape |
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| Motility |
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| Sporulation |
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| Temperature Range |
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| Salinity |
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| pH |
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| Cell Diameter |
|
| Cell Length |
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| Color |
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| Gram Staining |
Gram+
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| Biotic Relationships |
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| Symbiotic Physical Interaction |
|
| Symbiotic Relationship |
|
| Symbiont Name |
|
| Symbiont Taxon ID |
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| Cell Arrangements |
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| Diseases |
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| Known Habitats |
|
| Metabolisms |
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| Phenotypes |
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| Energy Sources |
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