PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
GOLD Project ID
![]() |
Gp0136753
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Name
![]() |
Kitasatospora sp. OK780
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Names
![]() |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Legacy GOLD ID
![]() |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI BioProject Name | Kitasatospora sp. OK780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI BioProject ID
![]() |
331844 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI BioProject Accession
![]() |
PRJNA331844 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI Locus Tag
![]() |
BDB15
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI BioSample Accession
![]() |
SAMN05444677 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PI | Dale Pelletier | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Added By |
JGI automated process
on 2016-03-25 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified By |
JGI automated process
on 2020-08-29 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Comments |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Status
![]() |
Permanent Draft
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Relevance
![]() |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequencing Center
![]() |
DOE Joint Genome Institute (JGI)
(USA)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Collaborating Institute
![]() |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Funding Agency
![]() |
U.S. Department of Energy (DOE)
(USA)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Description
![]() |
Genome sequencing to define the functional diversity of the Populus root microbiome
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is JGI Project |
Yes
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Information Visibility
![]() |
Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Specimen
![]() |
Organism |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Nucleic Acid
![]() |
DNA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequencing Strategy
![]() |
Whole Genome Sequencing
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
JGI Portal Download | Raw Sequence Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Information
![]() |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Database
![]() |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome Publications
![]() |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Publications
![]() |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SRA Experiment |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Study |
Populus root and rhizosphere microbial communities from Tennessee, USA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism |
Kitasatospora sp. OK780 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Analysis Projects |
Kitasatospora sp. OK780 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Analysis Projects (AP) |
1
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
|
SEQUENCING INFORMATION | |
---|---|
Sequencing Status
![]() |
Complete |
Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
Finishing Goal
![]() |
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
Contamination Screening Input
![]() |
|
DNA Amplification Method
![]() |
|
Sequencing Comments
![]() |
|
DNA Amplification Kit
![]() |
|
Sequencing Technology
(MIGS-29)
![]() |
PacBio RS Illumina HiSeq 2500-1TB PacBio RS II |
Library Method
(MIGS-28)
![]() |
Illumina Regular Fragment, 300bp, Plates
|
Library Layout
![]() |
|
Library Screening Method
![]() |
|
Number Of Reads
![]() |
|
Read Size
![]() |
|
Vector
![]() |
|
GC Percent |
70
|
Chromosome Count |
|
Plasmid Count |
|
ORGANISM NAME | |
---|---|
GOLD Organism ID |
Go0126211 |
Organism Name |
Kitasatospora sp. OK780
|
Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
|
Organism Domain |
BACTERIAL
|
Phylogeny |
ACTINOBACTERIA
|
Genus |
Kitasatospora
|
Genus Synonyms |
|
Species |
Kitasatospora sp. OK780
|
Subspecies |
|
Species Synonyms |
|
Strain |
OK780
|
Strain Synonyms |
|
Serovar/Cultivar |
|
Culture Collection ID |
|
Type Strain |
|
Exemplar DOI |
|
Exemplar Name |
|
Taxon DOI |
|
Biosafety Level |
|
Organism Comments |
|
Cultured |
Yes
|
Culture Type |
Isolate
|
Organism Type |
Natural
|
Uncultured Type |
|
Commercial Strain |
|
Commercial Strain Comments |
|
ORGANISM TAXONOMY
![]() |
|
NCBI Taxonomy ID |
1882771 |
NCBI Superkingdom |
Bacteria
|
NCBI Kingdom |
|
NCBI Phylum |
Actinobacteria
|
NCBI Class |
Actinobacteria
|
NCBI Order |
Streptomycetales
|
NCBI Family |
Streptomycetaceae
|
NCBI Genus |
Kitasatospora
|
NCBI Species |
Kitasatospora sp. OK780
|
ISOLATION CLASSIFICATION | |
Ecosystem |
|
Ecosystem Category |
|
Ecosystem Type |
|
Ecosystem Subtype |
|
Specific Ecosystem |
|
ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
Strain Info ID |
|
Genbank 16S ID |
|
GENERAL PROPERTIES | |
---|---|
Oxygen Requirement |
|
Cell Shape |
|
Motility |
|
Sporulation |
|
Temperature Range |
|
Salinity |
|
pH |
|
Cell Diameter |
|
Cell Length |
|
Color |
|
Gram Staining |
Gram+
|
Biotic Relationships |
|
Symbiotic Physical Interaction |
|
Symbiotic Relationship |
|
Symbiont Name |
|
Symbiont Taxon ID |
|
Cell Arrangements |
|
Diseases |
|
Known Habitats |
|
Metabolisms |
|
Phenotypes |
|
Energy Sources |
|
You are going to add the following user to your project, biosample and study.
Contact Name/Email: Do you want to continue?
You are going to remove permissions for the following user to your project, biosample and study.
Contact Name/Email: Do you want to continue?
Changing the SP visibility will also change visibility on the following items:
Do you want to continue with this visibility change?
Checking that this Sequencing Project can be made private:
Do you want to continue with this visibility change?
Changing the SP Sequencing Strategy will also effect these items:
Do you want to continue with this Sequencing Strategy change?