Studies
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47,488 |
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Biosamples
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121,419 |
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Sequencing Projects
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388,853 |
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Analysis Projects
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310,138 |
| Organisms | 403,380 |
| PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0128251
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Project Name
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Circinella umbellata NRRL 1351 Standard Draft
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Other Names
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Legacy GOLD ID
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| NCBI BioProject Name | Circinella umbellata NRRL 1351 Standard Draft | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NCBI BioProject ID
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331974 |
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NCBI BioProject Accession
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PRJNA331974 |
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NCBI Locus Tag
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BDC45
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NCBI BioSample Accession
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SAMN05444945 |
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| PI | Joseph Spatafora | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Added By |
JGI automated process
on 2016-01-29 |
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| Last Modified By |
JGI automated process
on 2020-08-29 |
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| Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Sequencing Center
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DOE Joint Genome Institute (JGI)
(USA)
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Collaborating Institute
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Funding Agency
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U.S. Department of Energy (DOE)
(USA)
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Project Description
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Sequencing as part of the 1000 Fungal Genomes project
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| Is JGI Project |
Yes
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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| EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| JGI Portal Download | Raw Sequence Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Project Information
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Database
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Genome Publications
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Other Publications
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| SRA Experiment |
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| PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Study |
1000 Fungal Genomes |
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| Organism |
Circinella umbellata NRRL1351 |
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| Analysis Projects |
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| Number of Analysis Projects (AP) |
0
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| Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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| SEQUENCING INFORMATION | |
|---|---|
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Sequencing Status
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Complete |
| Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 1: Standard Draft |
|
Finishing Goal
|
Level 1: Standard Draft |
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Contamination Screening Input
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|
DNA Amplification Method
|
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|
Sequencing Comments
|
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|
DNA Amplification Kit
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|
|
Sequencing Technology
(MIGS-29)
|
PacBio RS Illumina HiSeq 2500-1TB PacBio RS II |
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Library Method
(MIGS-28)
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PacBio 6-10kb w/ Blue Pippin Size Selection, Tubes
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|
Library Layout
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Library Screening Method
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Number Of Reads
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Read Size
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Vector
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| GC Percent |
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| Chromosome Count |
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| Plasmid Count |
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| ORGANISM NAME | |
|---|---|
| GOLD Organism ID |
Go0120372 |
| Organism Name |
Circinella umbellata NRRL1351
|
| Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
|
| Organism Domain |
EUKARYAL
|
| Phylogeny |
FUNGI-MUCOROMYCOTA
|
| Genus |
Circinella
|
| Genus Synonyms |
|
| Species |
Circinella umbellata
|
| Subspecies |
|
| Species Synonyms |
|
| Strain |
NRRL1351
|
| Strain Synonyms |
|
| Serovar/Cultivar |
|
| Culture Collection ID |
NRRL1351
|
| Type Strain |
|
| Exemplar DOI |
|
| Exemplar Name |
|
| Taxon DOI |
|
| Biosafety Level |
|
| Organism Comments |
|
| Cultured |
Yes
|
| Culture Type |
Isolate
|
| Organism Type |
Natural
|
| Uncultured Type |
|
| Commercial Strain |
|
| Commercial Strain Comments |
|
|
ORGANISM TAXONOMY
|
|
| NCBI Taxonomy ID |
101103 |
| NCBI Superkingdom |
Eukaryota
|
| NCBI Kingdom |
Fungi
|
| NCBI Phylum |
Mucoromycota
|
| NCBI Class |
Mucoromycetes
|
| NCBI Order |
Mucorales
|
| NCBI Family |
Lichtheimiaceae
|
| NCBI Genus |
Circinella
|
| NCBI Species |
Circinella umbellata
|
| ISOLATION CLASSIFICATION | |
| Ecosystem |
|
| Ecosystem Category |
|
| Ecosystem Type |
|
| Ecosystem Subtype |
|
| Specific Ecosystem |
|
| ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
| Strain Info ID |
|
| Genbank 16S ID |
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| GENERAL PROPERTIES | |
|---|---|
| Oxygen Requirement |
|
| Cell Shape |
|
| Motility |
|
| Sporulation |
|
| Temperature Range |
|
| Salinity |
|
| pH |
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| Cell Diameter |
|
| Cell Length |
|
| Color |
|
| Gram Staining |
|
| Biotic Relationships |
|
| Symbiotic Physical Interaction |
|
| Symbiotic Relationship |
|
| Symbiont Name |
|
| Symbiont Taxon ID |
|
| Cell Arrangements |
|
| Diseases |
|
| Known Habitats |
|
| Metabolisms |
|
| Phenotypes |
|
| Energy Sources |
|
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