Studies
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53,970 |
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Biosamples
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170,233 |
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Sequencing Projects
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480,729 |
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Analysis Projects
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360,434 |
| Organisms | 467,880 |
| PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0050820
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Project Name
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Streptacidiphilus albus JL83
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Other Names
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Legacy ER Project ID
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58419
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Legacy GOLD ID
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Gi0058419
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| NCBI BioProject Name | Streptacidiphilus albus JL83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NCBI BioProject Accession
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PRJNA234786 |
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NCBI Locus Tag
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BS75
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NCBI BioSample Accession
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SAMN02745413 |
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| PI | Seung Bum Kim | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Added By |
JGI automated process
on 2013-11-07 |
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| Last Modified By |
JGI automated process
on 2021-11-07 |
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| Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Comparative analysis |
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Sequencing Center
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DOE Joint Genome Institute (JGI)
(USA)
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Collaborating Institute
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Funding Agency
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U.S. Department of Energy (DOE)
(USA)
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Project Description
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Comparative genome analysis acidophilic actinobacteria, an important constituent of soil microbiota, and related taxa from different geographic regions
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| Is JGI Project |
Yes
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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| EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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JGI Data Utilization Status
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Unrestricted
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JGI Award DOI
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10.46936/10.25585/60007587 |
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| JGI Portal Download | Raw Sequence Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genome Publications
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Other Publications
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Ignored Publications
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Unassigned Publications
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| SRA Experiment |
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| PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Study |
Comparative genome analysis acidophilic actinobacteria, an important constituent of soil microbiota, and related taxa from different geographic regions |
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| Organism |
Streptacidiphilus albus JL83 |
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| Analysis Projects |
Streptacidiphilus albus JL83 |
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| Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
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| Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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| SEQUENCING INFORMATION | |
|---|---|
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Sequencing Status
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Complete |
| Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
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Finishing Goal
|
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
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Contamination Screening Input
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|
DNA Amplification Method
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Single Cell Lysis Protocol
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|
Single Cell Lysis Approach
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|
Sequencing Comments
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|
DNA Amplification Kit
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Sequencing Technology
(MIGS-29)
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PacBio RS PacBio RS II |
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Library Method
(MIGS-28)
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|
Library Layout
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Library Screening Method
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Number Of Reads
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Read Size
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Vector
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| GC Percent |
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| Chromosome Count |
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| Plasmid Count |
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| ORGANISM NAME | |
|---|---|
| GOLD Organism ID |
Go0050820 |
| Organism Name |
Streptacidiphilus albus JL83
|
| Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
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| Organism Domain |
BACTERIAL
|
| Phylogeny |
ACTINOBACTERIA
|
| Genus |
Streptacidiphilus
|
| Genus Synonyms |
|
| Species |
Streptacidiphilus albus
|
| Subspecies |
|
| Species Synonyms |
|
| Strain |
JL83
|
| Strain Synonyms |
|
| Serovar/Cultivar |
|
| Culture Collection ID |
|
| Type Strain |
Yes
|
| Exemplar DOI |
10.1601/ex.7371
|
| Exemplar Name |
Streptacidiphilus albus
|
| Taxon DOI |
10.1601/tx.7371
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| Biosafety Level |
|
| Organism Comments |
|
| Cultured |
Yes
|
| Culture Type |
Isolate
|
| Organism Type |
Natural
|
| Uncultured Type |
|
| Commercial Strain |
|
| Commercial Strain Comments |
|
|
ORGANISM TAXONOMY
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| NCBI Taxonomy ID |
1449352 |
| NCBI Superkingdom |
Bacteria
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| NCBI Kingdom |
|
| NCBI Phylum |
Actinobacteria
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| NCBI Class |
Actinomycetia
|
| NCBI Order |
Streptomycetales
|
| NCBI Family |
Streptomycetaceae
|
| NCBI Genus |
Streptacidiphilus
|
| NCBI Species |
Streptacidiphilus albus
|
| ISOLATION CLASSIFICATION | |
| Ecosystem |
Environmental
|
| Ecosystem Category |
Terrestrial
|
| Ecosystem Type |
Unclassified
|
| Ecosystem Subtype |
Unclassified
|
| Specific Ecosystem |
Unclassified
|
| ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
| Strain Info ID |
|
| Genbank 16S ID |
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| GENERAL PROPERTIES | |
|---|---|
| Oxygen Requirement |
|
| Cell Shape |
|
| Motility |
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| Sporulation |
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| Temperature Range |
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| Salinity |
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| pH |
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| Cell Diameter |
|
| Cell Length |
|
| Color |
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| Gram Staining |
Gram+
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| Biotic Relationships |
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| Symbiotic Physical Interaction |
|
| Symbiotic Relationship |
|
| Symbiont Name |
|
| Symbiont Taxon ID |
|
| Cell Arrangements |
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| Diseases |
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| Known Habitats |
Forest soil |
| Metabolisms |
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| Phenotypes |
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| Energy Sources |
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| CYANOBACTERIA METADATA | |
| Filaments |
|
| Filament Type |
|
| Differentiated Cells |
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| Position Of Heterocysts |
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| Cysts |
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| Mode Of Reproduction |
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| Trichome |
|
| Trichome Type |
|
| Carotenoids |
|
| Pigments |
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| Phage Infectivity |
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| Phage Type |
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| Restriction Enzyme |
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| Toxin Production |
|
| Toxin Type |
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| Secondary Metabolites |
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| Developmental Cycle |
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| Branching |
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| Gas Vesicles |
|
| Gas Vesicle Type |
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| Diagnostic Inclusion Body Information |
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| Extracellular Structures |
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| Bloom Forming |
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| Pigment Type |
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| Complementary chromatic adaptation (CCA) |
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| Medium Types |
|
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