Studies
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49,592 |
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Biosamples
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132,357 |
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Sequencing Projects
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409,872 |
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Analysis Projects
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321,255 |
| Organisms | 410,919 |
| PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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GOLD Project ID
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Gp0042609
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Project Name
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Exiguobacterium acetylicum DSM 20416
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Other Names
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Legacy ER Project ID
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49208
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Legacy GOLD ID
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Gi0049208
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| NCBI BioProject Name | Exiguobacterium acetylicum DSM 20416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NCBI BioProject ID
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218046 |
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NCBI BioProject Accession
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PRJNA218046 |
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NCBI Locus Tag
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P401
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NCBI BioSample Accession
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SAMN02841153 |
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| PI | Tatiana A. Vishnivetskaya | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Added By |
JGI automated process
on 2013-05-23 |
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| Last Modified By |
JGI automated process
on 2020-09-13 |
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| Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Sequencing Center
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DOE Joint Genome Institute (JGI)
(USA)
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Collaborating Institute
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Funding Agency
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U.S. Department of Energy (DOE)
(USA)
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Project Description
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Exiguobacterium psychrotrophic and thermophilic lifestyle: an example of genome evolution or genome adaptation
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| Is JGI Project |
Yes
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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| EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| JGI Portal Download | Raw Sequence Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Project Information
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Database
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Genome Publications
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Genome announcements
Draft genome sequences of 10 strains of the genus exiguobacterium.
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Other Publications
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Extremophiles
13(3):541-55
The Exiguobacterium genus: biodiversity and biogeography.
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| SRA Experiment |
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| PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Study |
Exiguobacterium psychrotrophic and thermophilic lifestyle: an example of genome evolution or genome adaptation |
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| Organism |
Exiguobacterium acetylicum DSM 20416 |
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| Analysis Projects |
Exiguobacterium acetylicum DSM 20416 |
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| Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
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| Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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| SEQUENCING INFORMATION | |
|---|---|
|
Sequencing Status
|
Complete |
| Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
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Finishing Goal
|
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
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Contamination Screening Input
|
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|
DNA Amplification Method
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|
Sequencing Comments
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|
DNA Amplification Kit
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Sequencing Technology
(MIGS-29)
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PacBio RS Illumina HiSeq 2500 Illumina HiSeq 2000 PacBio RS II |
|
Library Method
(MIGS-28)
|
Illumina Regular Fragment, 300bp, Tubes
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|
Library Layout
|
|
|
Library Screening Method
|
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|
Number Of Reads
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Read Size
|
|
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Vector
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| GC Percent |
47
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| Chromosome Count |
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| Plasmid Count |
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| ORGANISM NAME | |
|---|---|
| GOLD Organism ID |
Go0042609 |
| Organism Name |
Exiguobacterium acetylicum DSM 20416
|
| Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
|
| Organism Domain |
BACTERIAL
|
| Phylogeny |
FIRMICUTES
|
| Genus |
Exiguobacterium
|
| Genus Synonyms |
|
| Species |
Exiguobacterium acetylicum
|
| Subspecies |
|
| Species Synonyms |
|
| Strain |
DSM 20416
|
| Strain Synonyms |
|
| Serovar/Cultivar |
|
| Culture Collection ID |
DSM 20416
|
| Type Strain |
Yes
|
| Exemplar DOI |
10.1601/ex.5923
|
| Exemplar Name |
Exiguobacterium acetylicum
|
| Taxon DOI |
10.1601/tx.5018
|
| Biosafety Level |
1
|
| Organism Comments |
|
| Cultured |
Yes
|
| Culture Type |
Isolate
|
| Organism Type |
Natural
|
| Uncultured Type |
|
| Commercial Strain |
|
| Commercial Strain Comments |
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|
ORGANISM TAXONOMY
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| NCBI Taxonomy ID |
1397697 |
| NCBI Superkingdom |
Bacteria
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| NCBI Kingdom |
|
| NCBI Phylum |
Firmicutes
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| NCBI Class |
Bacilli
|
| NCBI Order |
Bacillales
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| NCBI Family |
|
| NCBI Genus |
Exiguobacterium
|
| NCBI Species |
Exiguobacterium acetylicum
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| ISOLATION CLASSIFICATION | |
| Ecosystem |
Engineered
|
| Ecosystem Category |
Food production
|
| Ecosystem Type |
Dairy products
|
| Ecosystem Subtype |
Unclassified
|
| Specific Ecosystem |
Unclassified
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| ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
| Strain Info ID |
|
| Genbank 16S ID |
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| GENERAL PROPERTIES | |
|---|---|
| Oxygen Requirement |
Facultative anaerobe
|
| Cell Shape |
Rod-shaped
|
| Motility |
Motile
|
| Sporulation |
|
| Temperature Range |
Mesophile
|
| Salinity |
|
| pH |
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| Cell Diameter |
|
| Cell Length |
|
| Color |
|
| Gram Staining |
Gram+
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| Biotic Relationships |
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| Symbiotic Physical Interaction |
|
| Symbiotic Relationship |
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| Symbiont Name |
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| Symbiont Taxon ID |
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| Cell Arrangements |
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| Diseases |
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| Known Habitats |
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| Metabolisms |
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| Phenotypes |
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| Energy Sources |
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| CYANOBACTERIA METADATA | |
| Filaments |
|
| Filament Type |
|
| Differentiated Cells |
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| Position Of Heterocysts |
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| Cysts |
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| Mode Of Reproduction |
|
| Trichome |
|
| Trichome Type |
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| Carotenoids |
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| Pigments |
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| Phage Infectivity |
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| Phage Type |
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| Restriction Enzyme |
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| Toxin Production |
|
| Toxin Type |
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| Secondary Metabolites |
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| Developmental Cycle |
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| Branching |
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| Gas Vesicles |
|
| Gas Vesicle Type |
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| Diagnostic Inclusion Body Information |
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| Extracellular Structures |
|
| Bloom Forming |
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| Pigment Type |
|
| Complementary chromatic adaptation (CCA) |
|
| Medium Types |
|
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