PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0042609
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Project Name
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Exiguobacterium acetylicum DSM 20416
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Other Names
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Legacy ER Project ID
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49208
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Legacy GOLD ID
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Gi0049208
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NCBI BioProject Name | Exiguobacterium acetylicum DSM 20416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI BioProject ID
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218046 |
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NCBI BioProject Accession
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PRJNA218046 |
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NCBI Locus Tag
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P401
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NCBI BioSample Accession
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SAMN02841153 |
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PI | Tatiana A. Vishnivetskaya | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Added By |
JGI automated process
on 2013-05-23 |
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Last Modified By |
JGI automated process
on 2020-09-13 |
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Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Sequencing Center
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DOE Joint Genome Institute (JGI)
(USA)
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Collaborating Institute
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Funding Agency
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U.S. Department of Energy (DOE)
(USA)
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Project Description
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Exiguobacterium psychrotrophic and thermophilic lifestyle: an example of genome evolution or genome adaptation
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Is JGI Project |
Yes
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
JGI Portal Download | Raw Sequence Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Information
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Database
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Genome Publications
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Genome announcements
Draft genome sequences of 10 strains of the genus exiguobacterium.
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Other Publications
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Extremophiles
13(3):541-55
The Exiguobacterium genus: biodiversity and biogeography.
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SRA Experiment |
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PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Study |
Exiguobacterium psychrotrophic and thermophilic lifestyle: an example of genome evolution or genome adaptation |
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Organism |
Exiguobacterium acetylicum DSM 20416 |
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Analysis Projects |
Exiguobacterium acetylicum DSM 20416 |
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Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
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Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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SEQUENCING INFORMATION | |
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Sequencing Status
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Complete |
Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
Finishing Goal
![]() |
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
Contamination Screening Input
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|
DNA Amplification Method
![]() |
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Sequencing Comments
![]() |
|
DNA Amplification Kit
![]() |
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Sequencing Technology
(MIGS-29)
![]() |
PacBio RS Illumina HiSeq 2500 Illumina HiSeq 2000 PacBio RS II |
Library Method
(MIGS-28)
![]() |
Illumina Regular Fragment, 300bp, Tubes
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Library Layout
![]() |
|
Library Screening Method
![]() |
|
Number Of Reads
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|
Read Size
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|
Vector
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GC Percent |
47
|
Chromosome Count |
|
Plasmid Count |
|
ORGANISM NAME | |
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GOLD Organism ID |
Go0042609 |
Organism Name |
Exiguobacterium acetylicum DSM 20416
|
Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
|
Organism Domain |
BACTERIAL
|
Phylogeny |
FIRMICUTES
|
Genus |
Exiguobacterium
|
Genus Synonyms |
|
Species |
Exiguobacterium acetylicum
|
Subspecies |
|
Species Synonyms |
|
Strain |
DSM 20416
|
Strain Synonyms |
|
Serovar/Cultivar |
|
Culture Collection ID |
DSM 20416
|
Type Strain |
Yes
|
Exemplar DOI |
10.1601/ex.5923
|
Exemplar Name |
Exiguobacterium acetylicum
|
Taxon DOI |
10.1601/tx.5018
|
Biosafety Level |
1
|
Organism Comments |
|
Cultured |
Yes
|
Culture Type |
Isolate
|
Organism Type |
Natural
|
Uncultured Type |
|
Commercial Strain |
|
Commercial Strain Comments |
|
ORGANISM TAXONOMY
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|
NCBI Taxonomy ID |
1397697 |
NCBI Superkingdom |
Bacteria
|
NCBI Kingdom |
|
NCBI Phylum |
Firmicutes
|
NCBI Class |
Bacilli
|
NCBI Order |
Bacillales
|
NCBI Family |
|
NCBI Genus |
Exiguobacterium
|
NCBI Species |
Exiguobacterium acetylicum
|
ISOLATION CLASSIFICATION | |
Ecosystem |
Engineered
|
Ecosystem Category |
Food production
|
Ecosystem Type |
Dairy products
|
Ecosystem Subtype |
Unclassified
|
Specific Ecosystem |
Unclassified
|
ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
Strain Info ID |
|
Genbank 16S ID |
|
GENERAL PROPERTIES | |
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Oxygen Requirement |
Facultative anaerobe
|
Cell Shape |
Rod-shaped
|
Motility |
Motile
|
Sporulation |
|
Temperature Range |
Mesophile
|
Salinity |
|
pH |
|
Cell Diameter |
|
Cell Length |
|
Color |
|
Gram Staining |
Gram+
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Biotic Relationships |
|
Symbiotic Physical Interaction |
|
Symbiotic Relationship |
|
Symbiont Name |
|
Symbiont Taxon ID |
|
Cell Arrangements |
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Diseases |
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Known Habitats |
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Metabolisms |
|
Phenotypes |
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Energy Sources |
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CYANOBACTERIA METADATA | |
Filaments |
|
Filament Type |
|
Differentiated Cells |
|
Position Of Heterocysts |
|
Cysts |
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Mode Of Reproduction |
|
Trichome |
|
Trichome Type |
|
Carotenoids |
|
Pigments |
|
Phage Infectivity |
|
Phage Type |
|
Restriction Enzyme |
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Toxin Production |
|
Toxin Type |
|
Secondary Metabolites |
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Developmental Cycle |
|
Branching |
|
Gas Vesicles |
|
Gas Vesicle Type |
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Diagnostic Inclusion Body Information |
|
Extracellular Structures |
|
Bloom Forming |
|
Pigment Type |
|
Complementary chromatic adaptation (CCA) |
|
Medium Types |
|
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