PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0015877
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Project Name
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Desulfitibacter alkalitolerans DSM 16504
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Other Names
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Legacy ER Project ID
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21511
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Legacy GOLD ID
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Gi13784
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NCBI BioProject Name | Desulfitibacter alkalitolerans DSM 16504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NCBI BioProject Accession
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PRJNA195831 |
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NCBI Locus Tag
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K364
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NCBI BioSample Accession
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SAMN02953000 |
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Source Sample ID
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PI | Jonathan Eisen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Added By | JGI automated process on 2012-01-27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified By | JGI automated process on 2023-05-31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Tree of Life GEBA |
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Sequencing Center
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DOE Joint Genome Institute (JGI)
(USA)
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Collaborating Institute
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Funding Agency
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U.S. Department of Energy (DOE)
(USA)
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Project Description
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This organism is part of the GEBA (Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea) initiative to sequence genomes that fill phylogenetic gaps.
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Is JGI Project |
Yes
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
JGI Data Utilization Status
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Unrestricted
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JGI Award DOI
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10.46936/10.25585/60007347 |
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JGI Portal Download | Raw Sequence Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome Publications
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Nature biotechnology: 35(7):676-683 1,003 reference genomes of bacterial and archaeal isolates expand coverage of the tree of life. PubMed: 28604660 DOI: 10.1038/nbt.3886 |
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Other Publications
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Ignored Publications
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Unassigned Publications
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SRA Experiment |
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PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Study |
Continuation of the Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea pilot project (GEBA) |
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Organism |
Desulfitibacter alkalitolerans DSM 16504 |
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Analysis Projects |
Desulfitibacter alkalitolerans DSM 16504 |
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Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
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Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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SEQUENCING INFORMATION | |
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Sequencing Status
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Complete |
Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 1: Standard Draft |
Finishing Goal
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Level 1: Standard Draft |
Contamination Screening Input
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|
DNA Amplification Method
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Single Cell Lysis Protocol
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Single Cell Lysis Approach
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|
Sequencing Comments
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|
DNA Amplification Kit
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Sequencing Technology
(MIGS-29)
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Illumina HiSeq 2500 PacBio RS II |
Library Method
(MIGS-28)
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Library Layout
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Library Screening Method
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Number Of Reads
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Read Size
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Vector
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GC Percent |
39
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Chromosome Count |
|
Plasmid Count |
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ORGANISM NAME | |
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GOLD Organism ID |
Go0015877 |
Organism Name |
Desulfitibacter alkalitolerans DSM 16504
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Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
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Organism Domain |
BACTERIAL
|
Phylogeny |
BACILLOTA
|
Genus |
Desulfitibacter
|
Genus Synonyms |
|
Species |
Desulfitibacter alkalitolerans
|
Subspecies |
|
Species Synonyms |
|
Strain |
DSM 16504
|
Strain Synonyms |
|
Serovar/Cultivar |
|
Culture Collection ID |
DSM 16504
|
Type Strain |
Yes
|
Exemplar DOI |
10.1601/ex.10688
|
Exemplar Name |
Desulfitibacter alkalitolerans
|
Taxon DOI |
10.1601/tx.10688
|
Biosafety Level |
|
Organism Comments |
|
Cultured |
Yes
|
Culture Type |
Isolate
|
Organism Type |
Natural
|
Uncultured Type |
|
Commercial Strain |
|
Commercial Strain Comments |
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ORGANISM TAXONOMY
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|
NCBI Taxonomy ID |
1304884 |
NCBI Superkingdom |
Bacteria
|
NCBI Kingdom |
|
NCBI Phylum |
Bacillota
|
NCBI Class |
Clostridia
|
NCBI Order |
Moorellales
|
NCBI Family |
Desulfitibacteraceae
|
NCBI Genus |
Desulfitibacter
|
NCBI Species |
Desulfitibacter alkalitolerans
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ISOLATION CLASSIFICATION | |
Ecosystem |
Engineered
|
Ecosystem Category |
Bioremediation
|
Ecosystem Type |
Metal
|
Ecosystem Subtype |
Unclassified
|
Specific Ecosystem |
Unclassified
|
ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
Strain Info ID |
|
Genbank 16S ID |
AY751285 |
GENERAL PROPERTIES | |
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Oxygen Requirement |
Anaerobe
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Cell Shape |
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Motility |
|
Sporulation |
|
Temperature Range |
Mesophile
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Salinity |
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pH |
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Cell Diameter |
|
Cell Length |
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Color |
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Gram Staining |
Gram+
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Biotic Relationships |
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Symbiotic Physical Interaction |
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Symbiotic Relationship |
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Symbiont Name |
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Symbiont Taxon ID |
|
Cell Arrangements |
|
Diseases |
|
Known Habitats |
Host |
Metabolisms |
|
Phenotypes |
|
Energy Sources |
|
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