Studies
|
56,335 |
|
Biosamples
|
196,988 |
|
Sequencing Projects
|
525,361 |
|
Analysis Projects
|
384,993 |
| Organisms | 484,222 |
| PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
GOLD Project ID
|
Gp0015017
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Name
|
Thermacetogenium phaeum DSM 12270
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Other Names
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Legacy ER Project ID
|
22597
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Legacy GOLD ID
|
Gi13751
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NCBI BioProject Name | Thermacetogenium phaeum DSM 12270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
NCBI BioProject Accession
|
PRJNA80949 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
NCBI Locus Tag
|
THEPH
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
NCBI BioSample Accession
|
SAMN02584910 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Source Sample ID
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PI | Jonathan Eisen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Added By | JGI automated process on 2012-01-27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Last Modified By | JGI automated process on 2023-06-05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Project Comments |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Status
|
Permanent Draft
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Relevance
|
Tree of Life GEBA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Sequencing Center
|
DOE Joint Genome Institute (JGI)
(USA)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Collaborating Institute
|
Leibniz Institute
(Germany)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Funding Agency
|
U.S. Department of Energy (DOE)
(USA)
Leibniz Institute (Germany) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Description
|
Thermacetogenium phaeum DSM 12270 Genome sequencing
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Is JGI Project |
Yes
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Information Visibility
|
Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Specimen
|
Organism |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Nucleic Acid
|
DNA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Sequencing Strategy
|
Whole Genome Sequencing
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
JGI Data Utilization Status
|
Unrestricted
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
JGI Award DOI
|
10.46936/10.25585/60007347 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| JGI Portal Download | Raw Sequence Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Genome Publications
|
Nature biotechnology: 35(7):676-683 1,003 reference genomes of bacterial and archaeal isolates expand coverage of the tree of life. PubMed: 28604660 DOI: 10.1038/nbt.3886 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Other Publications
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Ignored Publications
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Unassigned Publications
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SRA Experiment |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Study |
Continuation of the Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea pilot project (GEBA) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Organism |
Thermacetogenium phaeum PB |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Analysis Projects |
Thermacetogenium phaeum DSM 12270 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SEQUENCING INFORMATION | |
|---|---|
|
Sequencing Status
|
Complete |
| Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
|
Finishing Goal
|
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
|
Contamination Screening Input
|
|
|
DNA Amplification Method
|
|
|
Single Cell Lysis Protocol
|
|
|
Single Cell Lysis Approach
|
|
|
Sequencing Comments
|
|
|
DNA Amplification Kit
|
|
|
Sequencing Technology
(MIGS-29)
|
Illumina HiSeq 2500 PacBio RS II |
|
Library Method
(MIGS-28)
|
|
|
Library Layout
|
|
|
Library Screening Method
|
|
|
Number Of Reads
|
|
|
Read Size
|
|
|
Vector
|
|
| GC Percent |
54
|
| Chromosome Count |
|
| Plasmid Count |
|
| ORGANISM NAME | |
|---|---|
| GOLD Organism ID |
Go0015017 |
| Organism Name |
Thermacetogenium phaeum PB
|
| Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
|
| Organism Domain |
BACTERIAL
|
| Phylogeny |
BACILLOTA
|
| Genus |
Thermacetogenium
|
| Genus Synonyms |
|
| Species |
Thermacetogenium phaeum
|
| Subspecies |
|
| Species Synonyms |
|
| Strain |
PB
|
| Strain Synonyms |
|
| Serovar/Cultivar |
|
| Culture Collection ID |
DSM 12270
|
| Type Strain |
Yes
|
| Exemplar DOI |
10.1601/ex.4541
|
| Exemplar Name |
Thermacetogenium phaeum
|
| Taxon DOI |
10.1601/tx.4541
|
| Biosafety Level |
1
|
| Organism Comments |
|
| Cultured |
Yes
|
| Culture Type |
Isolate
|
| Organism Type |
Natural
|
| Uncultured Type |
|
| Commercial Strain |
|
| Commercial Strain Comments |
|
|
ORGANISM TAXONOMY
|
|
| NCBI Taxonomy ID |
1089553 |
| NCBI Superkingdom |
Bacteria
|
| NCBI Kingdom |
|
| NCBI Phylum |
Bacillota
|
| NCBI Class |
Clostridia
|
| NCBI Order |
Thermoanaerobacterales
|
| NCBI Family |
Thermoanaerobacteraceae
|
| NCBI Genus |
Thermacetogenium
|
| NCBI Species |
Thermacetogenium phaeum
|
| ISOLATION CLASSIFICATION | |
| Ecosystem |
Engineered
|
| Ecosystem Category |
Wastewater
|
| Ecosystem Type |
Unclassified
|
| Ecosystem Subtype |
Unclassified
|
| Specific Ecosystem |
Unclassified
|
| ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
| Strain Info ID |
|
| Genbank 16S ID |
|
| GENERAL PROPERTIES | |
|---|---|
| Oxygen Requirement |
Anaerobe
|
| Cell Shape |
Rod-shaped
|
| Motility |
Motile
|
| Sporulation |
Sporulating
|
| Temperature Range |
Thermophile
|
| Salinity |
|
| pH |
6.8
|
| Cell Diameter |
0.4-0.7
|
| Cell Length |
2.0-12.6
|
| Color |
|
| Gram Staining |
Gram+
|
| Biotic Relationships |
|
| Symbiotic Physical Interaction |
|
| Symbiotic Relationship |
|
| Symbiont Name |
|
| Symbiont Taxon ID |
|
| Cell Arrangements |
|
| Diseases |
|
| Known Habitats |
Aquatic Paper mill Wastewater treatment plant Wastewater |
| Metabolisms |
|
| Phenotypes |
|
| Energy Sources |
|
| CYANOBACTERIA METADATA | |
| Filaments |
|
| Filament Type |
|
| Differentiated Cells |
|
| Position Of Heterocysts |
|
| Cysts |
|
| Mode Of Reproduction |
|
| Trichome |
|
| Trichome Type |
|
| Carotenoids |
|
| Pigments |
|
| Phage Infectivity |
|
| Phage Type |
|
| Restriction Enzyme |
|
| Toxin Production |
|
| Toxin Type |
|
| Secondary Metabolites |
|
| Developmental Cycle |
|
| Branching |
|
| Gas Vesicles |
|
| Gas Vesicle Type |
|
| Diagnostic Inclusion Body Information |
|
| Extracellular Structures |
|
| Bloom Forming |
|
| Pigment Type |
|
| Complementary chromatic adaptation (CCA) |
|
| Medium Types |
|
You are going to add the following user to your project, biosample and study.
Contact Name/Email: Do you want to continue?
You are going to remove permissions for the following user to your project, biosample and study.
Contact Name/Email: Do you want to continue?
Changing the SP visibility will also change visibility on the following items:
Do you want to continue with this visibility change?
Checking that this Sequencing Project can be made private:
Do you want to continue with this visibility change?
Changing the SP Sequencing Strategy will also effect these items:
Do you want to continue with this Sequencing Strategy change?
