Studies
|
45,789 |
|
Biosamples
|
101,901 |
|
Sequencing Projects
|
357,218 |
|
Analysis Projects
|
284,643 |
| Organisms | 387,971 |
| PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
GOLD Project ID
|
Gp0086862
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Name
|
Mucispirillum schaedleri ASF457
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Other Names
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Legacy ER Project ID
|
69903
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Legacy GOLD ID
|
Gi0069903
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NCBI BioProject Name | Mucispirillum schaedleri ASF457 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
NCBI BioProject ID
|
213740 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
NCBI BioProject Accession
|
PRJNA213740 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
NCBI Locus Tag
|
N508
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
NCBI BioSample Accession
|
SAMN02297858 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Added By |
JGI automated process
on 2014-02-14 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Last Modified By |
JGI automated process
on 2014-08-18 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Project Comments |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Status
|
Permanent Draft
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Relevance
|
Medical |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Sequencing Center
|
Broad Institute
(USA)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Collaborating Institute
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Funding Agency
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Description
|
Mouse Models Colitis
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Is JGI Project |
No
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Information Visibility
|
Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Specimen
|
Organism |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Nucleic Acid
|
DNA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Sequencing Strategy
|
Whole Genome Sequencing
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Project Information
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Database
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Genome Publications
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Other Publications
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SRA Experiment |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Study |
Mucispirillum schaedleri ASF457 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Organism |
Mucispirillum schaedleri ASF457 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Analysis Projects |
Mucispirillum schaedleri ASF457 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number of Analysis Projects (AP) |
1
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SEQUENCING INFORMATION | |
|---|---|
|
Sequencing Status
|
Complete |
| Sequencing Quality (MIGS-31) |
|
|
Finishing Goal
|
|
|
Sequencing Comments
|
|
|
Sequencing Technology
(MIGS-29)
|
Illumina |
|
Library Method
(MIGS-28)
|
|
|
Number Of Reads
|
|
|
Read Size
|
|
|
Vector
|
|
| GC Percent |
31
|
| Chromosome Count |
|
| Plasmid Count |
|
| ORGANISM NAME | |
|---|---|
| GOLD Organism ID |
Go0014266 |
| Organism Name |
Mucispirillum schaedleri ASF457
|
| Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
|
| Organism Domain |
BACTERIAL
|
| Phylogeny |
DEFERRIBACTERES
|
| Genus |
Mucispirillum
|
| Genus Synonyms |
|
| Species |
Mucispirillum schaedleri
|
| Subspecies |
|
| Species Synonyms |
|
| Strain |
ASF457
|
| Strain Synonyms |
|
| Serovar/Cultivar |
|
| Culture Collection ID |
|
| Type Strain |
No
|
| Exemplar DOI |
|
| Exemplar Name |
|
| Taxon DOI |
|
| Biosafety Level |
|
| Organism Comments |
|
| Cultured |
Yes
|
| Culture Type |
Isolate
|
| Organism Type |
Natural
|
| Uncultured Type |
|
| Commercial Strain |
|
| Commercial Strain Comments |
|
|
ORGANISM TAXONOMY
|
|
| NCBI Taxonomy ID |
1379858 |
| NCBI Superkingdom |
Bacteria
|
| NCBI Kingdom |
|
| NCBI Phylum |
Deferribacteres
|
| NCBI Class |
Deferribacteres
|
| NCBI Order |
Deferribacterales
|
| NCBI Family |
Deferribacteraceae
|
| NCBI Genus |
Mucispirillum
|
| NCBI Species |
Mucispirillum schaedleri
|
| ISOLATION CLASSIFICATION | |
| Ecosystem |
|
| Ecosystem Category |
|
| Ecosystem Type |
|
| Ecosystem Subtype |
|
| Specific Ecosystem |
|
| ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
| Strain Info ID |
|
| Genbank 16S ID |
|
| GENERAL PROPERTIES | |
|---|---|
| Oxygen Requirement |
Anaerobe
|
| Cell Shape |
Spiral-shaped
|
| Motility |
Motile
|
| Sporulation |
|
| Temperature Range |
Mesophile
|
| Salinity |
|
| pH |
|
| Cell Diameter |
|
| Cell Length |
|
| Color |
|
| Gram Staining |
|
| Biotic Relationships | Symbiotic |
| Symbiotic Physical Interaction |
Endosymbiotic extracellular
|
| Symbiotic Relationship |
Commensal
|
| Symbiont Name |
|
| Symbiont Taxon ID |
|
| Cell Arrangements |
Singles |
| Diseases |
None |
| Known Habitats |
Host Gut Mouse Gut |
| Metabolisms |
|
| Phenotypes |
Nonvirulent |
| Energy Sources |
Heterotroph |
You are going to add the following user to your project, biosample and study.
Contact Name/Email: Do you want to continue?
You are going to remove permissions for the following user to your project, biosample and study.
Contact Name/Email: Do you want to continue?
Changing the SP visibility will also change visibility on the following items:
Do you want to continue with this visibility change?
Checking that this Sequencing Project can be made private:
Do you want to continue with this visibility change?
Changing the SP Sequencing Strategy will also effect these items:
Do you want to continue with this Sequencing Strategy change?
