Studies
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53,971 |
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Biosamples
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170,223 |
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Sequencing Projects
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480,740 |
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Analysis Projects
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363,370 |
| Organisms | 467,901 |
| PROJECT INFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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GOLD Project ID
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Gp0050852
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Project Name
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Thermus amyloliquefaciens YIM 77409
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Other Names
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Legacy ER Project ID
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58423
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Legacy GOLD ID
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Gi0058423
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| NCBI BioProject Name | Thermus sp. YIM 77409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NCBI BioProject Accession
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PRJNA234787 |
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NCBI Locus Tag
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BS74
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NCBI BioSample Accession
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SAMN02745441 |
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| PI | Brian Hedlund | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Added By |
JGI automated process
on 2013-11-07 |
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| Last Modified By |
JGI automated process
on 2021-11-08 |
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| Project Comments |
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Project Status
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Permanent Draft
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Project Relevance
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Sequencing Center
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DOE Joint Genome Institute (JGI)
(USA)
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Collaborating Institute
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Funding Agency
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U.S. Department of Energy (DOE)
(USA)
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Project Description
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Sequencing Genomes of Environmentally Important Thermophiles in Great Basin hot springs: Thermocrinis ruber, three members of the genus Thermus, and a novel Chloroflexi
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| Is JGI Project |
Yes
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Project Information Visibility
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Public | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PROJECT TYPE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Specimen
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Organism |
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Nucleic Acid
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DNA |
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Sequencing Strategy
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Whole Genome Sequencing
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| EXTERNAL PROJECT LINKS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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JGI Data Utilization Status
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Unrestricted
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JGI Award DOI
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10.46936/10.25585/60000691 |
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| JGI Portal Download | Raw Sequence Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Genome Publications
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Standards in genomic sciences
High-quality draft genome sequence of the Thermus amyloliquefaciens type strain YIM 77409(T) with an incomplete denitrification pathway.
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Other Publications
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Ignored Publications
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Unassigned Publications
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| SRA Experiment |
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| PROJECT COMPOSITION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Study |
Sequencing Genomes of Environmentally Important Thermophiles in Great Basin hot springs: Thermocrinis ruber, three members of the genus Thermus, and a novel Chloroflexi |
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| Organism |
Thermus amyloliquefaciens YIM 77409 |
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| Analysis Projects |
Thermus amyloliquefaciens YIM 77409 |
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| Number of Analysis Projects (AP) |
1 |
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| Number of Derived Analyis Projects (DAP) |
0
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| SEQUENCING INFORMATION | |
|---|---|
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Sequencing Status
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Complete |
| Sequencing Quality (MIGS-31) |
Level 3: Improved-High-Quality Draft |
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Finishing Goal
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Level 3: Improved-High-Quality Draft |
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Contamination Screening Input
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DNA Amplification Method
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Single Cell Lysis Protocol
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Single Cell Lysis Approach
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Sequencing Comments
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DNA Amplification Kit
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Sequencing Technology
(MIGS-29)
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PacBio RS PacBio RS II |
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Library Method
(MIGS-28)
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Library Layout
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Library Screening Method
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Number Of Reads
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Read Size
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Vector
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| GC Percent |
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| Chromosome Count |
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| Plasmid Count |
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| ORGANISM NAME | |
|---|---|
| GOLD Organism ID |
Go0050852 |
| Organism Name |
Thermus amyloliquefaciens YIM 77409
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| Other names (alias, synonyms, short names, common names) |
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| Organism Domain |
BACTERIAL
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| Phylogeny |
DEINOCOCCUS-THERMUS
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| Genus |
Thermus
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| Genus Synonyms |
|
| Species |
Thermus sp. YIM 77409
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| Subspecies |
|
| Species Synonyms |
|
| Strain |
YIM 77409
|
| Strain Synonyms |
|
| Serovar/Cultivar |
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| Culture Collection ID |
YIM 77409
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| Type Strain |
Yes
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| Exemplar DOI |
10.1601/ex.27065
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| Exemplar Name |
Thermus amyloliquefaciens
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| Taxon DOI |
10.1601/tx.27065
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| Biosafety Level |
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| Organism Comments |
|
| Cultured |
Yes
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| Culture Type |
Isolate
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| Organism Type |
Natural
|
| Uncultured Type |
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| Commercial Strain |
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| Commercial Strain Comments |
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ORGANISM TAXONOMY
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| NCBI Taxonomy ID |
1449080 |
| NCBI Superkingdom |
Bacteria
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| NCBI Kingdom |
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| NCBI Phylum |
Deinococcus-Thermus
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| NCBI Class |
Deinococci
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| NCBI Order |
Thermales
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| NCBI Family |
Thermaceae
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| NCBI Genus |
Thermus
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| NCBI Species |
Thermus amyloliquefaciens
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| ISOLATION CLASSIFICATION | |
| Ecosystem |
Environmental
|
| Ecosystem Category |
Aquatic
|
| Ecosystem Type |
Thermal springs
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| Ecosystem Subtype |
Sediment
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| Specific Ecosystem |
Unclassified
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| ORGANISM EXTERNAL REFERENCES | |
| Strain Info ID |
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| Genbank 16S ID |
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| GENERAL PROPERTIES | |
|---|---|
| Oxygen Requirement |
Facultative anaerobe
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| Cell Shape |
Rod-shaped
|
| Motility |
Nonmotile
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| Sporulation |
Nonsporulating
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| Temperature Range |
Thermophile
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| Salinity |
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| pH |
7
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| Cell Diameter |
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| Cell Length |
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| Color |
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| Gram Staining |
Gram-
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| Biotic Relationships | Free living |
| Symbiotic Physical Interaction |
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| Symbiotic Relationship |
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| Symbiont Name |
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| Symbiont Taxon ID |
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| Cell Arrangements |
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| Diseases |
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| Known Habitats |
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| Metabolisms |
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| Phenotypes |
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| Energy Sources |
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| CYANOBACTERIA METADATA | |
| Filaments |
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| Filament Type |
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| Differentiated Cells |
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| Position Of Heterocysts |
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| Cysts |
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| Mode Of Reproduction |
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| Trichome |
|
| Trichome Type |
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| Carotenoids |
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| Pigments |
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| Phage Infectivity |
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| Phage Type |
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| Restriction Enzyme |
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| Toxin Production |
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| Toxin Type |
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| Secondary Metabolites |
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| Developmental Cycle |
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| Branching |
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| Gas Vesicles |
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| Gas Vesicle Type |
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| Diagnostic Inclusion Body Information |
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| Extracellular Structures |
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| Bloom Forming |
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| Pigment Type |
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| Complementary chromatic adaptation (CCA) |
|
| Medium Types |
|
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